ISTerre - Institut des Sciences de la Terre

Red Relief Image Map (RRIM) Images

Xavier ROBERT — 2021-05-10T16:25:29Z

Pour visualiser finement des Modèles Numériques de Terrain (MNT/DEM), nous utilisons souvent le calcul des pentes et d'ombrage. Le problème c'est que ces visualisations sont soit difficile à analyser, soit dépendantes des directions d'ensoleillement utilisées. Pour pallier à cela, il a été développée une méthode de visualisation indépendante de la direction d'ensoleillement : les cartes d'images de relief rouge (RRIM). Mais, même si la méthode a été publiée (Chiba et al., 2008), la publication de scripts d'utilisation facile et permettant d'automatiser la génération efficace de RRIM n'existe pas.

En conséquence, j'ai développé un module Python, pyRRIM, pour construire ces images RRIM à partir de n'importe quel raster au format geotiff. Il est très rapide et il permet de jouer sur les options de saturation et de contraste. L'image RRIM calculée est aussi un raster 3 bandes géoréférencé.

Le projet est hébergé par Github (https://github.com/robertxa/pyRRIM) et Pypi (https://pypi.python.org/pypi/pyRRIM). Je l'ai testé avec succès sous Python 3.9, mais il n'est pas parfait et il reste probablement quelques bugs. Ne pas hésiter à me faire remonter l'information ou des commentaires pour améliorer l'outil.

Si vous utilisez ce module, merci de citer : Robert X., pyRRIM, a python RRIM Implementation (2021), DOI:10.5281/Zenodo.4745556

Installation

Le module peut être installé en utilisant pip dans un terminal :

login$ pip install pyRRIM

Ou en téléchargeant les sources, puis en utilisant le setup :

login$ cd [path_de_l'archive]
login$ python setup.py install

Exemple

Ce swath profile a été obtenu en utilisant la commande dans une console Python :

>>> from pyRRIM import rrim
>>> rrim(demname = '../Test/test.png', nodatavalue = -9999, demfill = True, svf_n_dir = 8, svf_r_max = 20, svf_noise = 0, saturation = 80, brithness = 40, isave = True, ikeep = False)

Research Projects (XR)

Xavier ROBERT — 2019-01-10T22:32:09Z

J'ai actuellement plusieurs projets de recherche, à la fois dans la chaine des Andes, en Himalaya et dans les Alpes.

Tectonique et exhumation des massifs de la Déflexion d'Abancay, Pérou
Ce projet s'effectue dans le cadre de la thèse de doctorat de Benjamin Gérard (UGA, 2016 - ?), co-encadrée par L. Audin (ISTerre) et moi même. Benjamin a obtenu une MLD IRD pour venir au Pérou en 2017. La mission de terrain, et les analyses thermochronologiques sont financées sur un projet INSU 2017 (7500 €) et un projet BQR Sud 2017 (5000 €) que j'ai obtenus. La thèse a été soutenue en décembre 2019, cinq articles/bases de données sont publiés et un dernier est en préparation.

B. Gérard***, L. Audin, X. Robert , C. Gautheron, P. van der Beek, M. Bernet C. Benavente and F. Delgado. Pliocene river capture and incision of the northern Altiplano : Machu Picchu, Peru. Journal of the Geological Society of London, pages jgs2020-100, 2021.
B. Gérard***, X. Robert , L. Audin, P. Valla, M. Bernet, C. Gautheron (2021) Low-Temperature thermochronological data (AHe/AFT) for cooling dynamic investigation of the Abancay Deflection region (Southern Peru), 2017-2019. PANGAEA, https://doi.org/10.1594/PANGAEA.929199
B. Gérard***, X. Robert , L. Audin, P. Valla, M. Bernet and C. Gautheron. Differential exhumation of the Eastern Cordillera in the Central Andes : Evidence for south-verging backthrusting (Abancay Deflection, Peru). Tectonics, 40, e2020TC006314. https://doi.org/10.1029/2020TC006314, 2021.
B. Gérard***, X. Robert , L. Audin, C. Gautheron and M. Bernet. First Apatite (U-Th)/He and apatite fission-track thermochronology dataset from the Abancay Deflection (Eastern Cordillera, Southern Peru) : Toward a cooling investigation of the upper crust. Data in Brief, 40:107748, 2022. Link.
B. Gérard***, X. Robert , D. Grujic, C. Gautheron, L. Audin, M. Bernet, M. Balvay. Zircon (U-Th)/He Closure Temperature Lower than Apatite Thermochronometric Systems : Reconciliation of a Paradox. Minerals, 12(2), 145, https://doi.org/10.3390/min12020145, 2022.

Tectonique et néo-tectonique du système de failles d'Incapuquio, Tacna - Moquegua, Pérou
Des failles actives au sud Pérou ? En plus, avec une composante inverse importante ? Et bien, si, elles existent bien ! Plusieurs missions de terrain avec des datations par isotopes cosmogéniques ¹⁰Be (partiellement financées sur mon projet Labex OSUG@2020 2015) et ¹⁴C le montrent... Un article est en cours d'écriture, et deux articles sont déjà publiés :

C. Benavente, S. Zerathe, L. Audin, S.R. Hall, X. Robert, F. Delgado, J. Carcaillet, D. Farber and ASTER Team. Active transpressional tectonics in the Andean forearc of southern Peru quantified by 10Be surface exposure dating of an active fault scarp. Tectonics, 36(9):1662-1678, 2017.
C. Benavente, S. Wimpenny, L. Rosell, X. Robert , A. Palomino, L. Audin, E. Aguirre and B. Garcia. Paeosismic evidence of a Mw7 Pre-Hispanic earthquake in the Peruvian forearc. Tectonics, 40(6):e2020TC006479, 2021.

Tectonique et néo-tectonique des systèmes de failles de l'Altiplano Pérou
Encore des failles actives, mais cette fois sur l'Altiplano... Avec des séismes qui rompent la surface sur plusieurs kilomètres. La compréhension de l'importance de ces failles sont le coeur de ce projet entre ISTerre (L. Audin, S Zerathe et moi même) et l'INGEMMET à travers différents financements dont le financement Concytec Cusco PATA 2016 obtenu par C. Benavente et mon financement BQR Sud 2017. Les premiers résultats sont en cours d'écriture.

Role du système du Marañon dans la déformation des Andes péruviennes
Ce projet est conjoint avec mon partenaire Péruvien INGEMMET, et il a pour but de comprendre la place du système de faille du Maranõn dans la tectonique andine et dans la construction et l'évolution du relief des Andes nord et centre du Pérou. Ce projet vient de s'initier début janvier 2019 avec l'obtention d'une JEAI (Jeune Equipe Associée à l'IRD) que j'avais soumise (50 k€).

Exhumation et évolution du relief de la Cordillera Occidentale, du Pérou

Alto Mayo

Tectonique et exhumation des Cordilleras Blanca et Negra, Pérou
Ce projet s'effectue dans le cadre de la thèse de doctorat d'Audrey Margirier (UGA, 2012 - 2015), co-encadrée par L. Audin (ISTerre) et moi même. La thèse, en collaboration avec C. Gautheron (GEOPS, France) et S. Schwartz (ISTerre) a été financée (missions de terrain, analyses thermochronologiques, analyse thermobarométriques) à partir de plusieurs petits projets attribués à L. Audin (AGIR 2013 ; BQR Sud 2013) et moi même (Labex OSUG@2020 2012 - 12 k€ ; SMINGUE 2012 - 8 K€ ; Labex 2015).
La thèse a été soutenue en novembre 2015, et quatre article ont été publiés :

A. Margirier, J. Braun, X. Robert and L. Audin. Role of erosion and isostasy in the Cordillera Blanca upflit : insight from landscape evolution modeling (northern Peru, Andes). Tectonophysics, 728:119—129, 2018.
A. Margirier, L. Audin, X. Robert, A. Pêcher and S. Schwartz. Stress field evolution above the Peruvian flat-slab (Cordillera Blanca, northern Peru). Journal of South American Earth Sciences, 77:58–69, 2017.
A. Margirier, L. Audin, X. Robert, F. Herman, J. Ganne, and S. Schwartz. Time and mode of exhumation of the Cordillera Blanca batholith (Peruvian Andes). Journal of Geophysical Research : Solid Earth, 121(8):6235–6249, 2016.
A. Margirier, X. Robert, L. Audin, C. Gautheron, M. Bernet, S. Hall and T. Simon-Labric. Slab flattening, magmatism, and surface uplift in the Cordillera Occidental (northern Peru). Geology, 43(11):1031-1034, 2015.

Tectonique et Evolution du relief Himalayen
Ce projet de recherche est dans la continuité de mes travaux de thèse. Il passe surtout par le co-encadrement d'étudiants, et par des collaborations avec d'autres laboratoires (Université de Potzdam, Allemagne et Université d'Arizona, Tucson, USA). Mon apport actuel est surtout de la modélisation 3D de données thermochronologiques de basse température un utilisant le code PECUBE (Braun 2002, Braun et al, 2012).
Nous avons publié nos travaux sur la Karnali et le mont Everest au Népal, ainsi que sur le Dhaulagar en Inde. La zone du Pamir est en projet.
Les publications issues de ce projet sont :

R. Thiede, X. Robert, K. Stübner, S. Dey and J. Faruhn. Sustained out-of-sequence shortening along the tectonically active segment of the Main Boundary Thrust : The Dhauladhar Range in the NW Himalaya. Lithosphere, 9(5):715, 2017.
J.-L. Mugnier, F. Jouanne, R. Bhattarai, J. Cortes-Aranda, A. Gajurel, P. Leturmy, X. Robert, B. Upreti and R. Vassallo. Segmentation of the Himalayan megathrust around the Gorkha earthquake (25 April 2015) in Nepal. Journal of Asian Earth Sciences, 141:236–252, 2017.
B. Carrapa, X. Robert, P.G. DeCelles, D.A. Orme, S. Thomson and L.M. Schoenbohm. Exhumation of Mount Everest and asymmetric growth of the Himalaya. Geology, 44(8):611-614, 2016
P. van der Beek, C. Litty, M. Baudin, J. Mercier, X. Robert and E. Hardwick. Contrasting tectonically driven exhumation and incision patterns, western versus central Nepal Himalaya. Geology, 44(4):327-330, 2016
L. Husson, M. Bernet, S. Guillot, P. Huyghe, J.-L. Mugnier, A. Replumaz, X. Robert, and P. Van der Beek. Dynamic ups and downs of the Himalaya. Geology, 42(10):839–842, 2014

Exploration des karsts andino-amazonien
Je profite de mon expatriation au Pérou pour améliorer notre connaissance des karsts andino-amazonien. En effet, la surface karstifiable est importante (3 à 4 % de la superficie du pays), principalement sur le piémont amazonien, mais ce karst est extrèmement mal connu malgré son rôle apparent important dans la dissolution des roches andines et dans le transfert chimique vers le bassin Amazonien (et aussi dans la spéciation des espèces biologiques). Aborder ces thématiques nécessite avant tout d'obtenir la meilleure connaissance possible de ce karst andino-amazonien, ce qui passe basiquement par l'exploration des cavités karstique de cette zone. Depuis le début de mon expatriation, j'ai participé à l'exploration de plus de 30 km de nouvelles galeries, portant le développement karstique total à 120 km (soit pas grand chose de connu !). Même si ce chiffre parait peu important, ses explorations ouvrent actuellement des perspectives intéressantes pour comprendre (et quantifier) les liens avec la tectonique andine et l'incision des vallées. La plupart du temps, je finance ce projet long-terme sur mes fonds propres.
Pour l'instant, un article est issu de ce projet :

O. Grandjouan, L. Hidalgo, J. Apaéestegui, P. Baby, G. Cochonneau, E. Condori, J.C. Espinoza, P. Fraizy, D. Huaman, H. Joude, N. Mazzilli, S. Morera, F. Peña, F. Renou, X. Robert, W. Santini, A. Sifeddine and J.L. Guyot. Las resurgencias del Alto Mayo (San Martin, Perú) : estudio hidrologico sobre un karst tropical andino-amazonico. Boletin de la Sociedad Geológica del Perú, 8:83—96, 2017.

Exploration des karsts alpins
Projet long terme mené en parallèle des projets de recherches Andin et Himalayen. A terme, les informations obtenues par l'exploration et la cartographie de grands réseaux souterrain alpin permettrons d'améliorer notre connaissance des différents épisodes de la karstification alpine et de son lien avec l'incision des vallées glaciaires.
Un article a été soumis fin 2022.

Outils Therion

Xavier ROBERT — 2019-01-10T20:56:50Z

Etant en parallèle de mon activité de recherche un spéléologue d'exploration, j'effectue de nombreuses topographies souterraines, aujourd'hui en utilisant le logiciel libre Therion. Pour faciliter l'utilisation de ce logiciel complexe, j'ai développé quelques outils :

Tutoriel d'utilisation
Pour faciliter l'apprentissage du logiciel, j'ai écrit un tutoriel d'utilisation du logiciel. Il se trouve sur des pages du site web de mon club spéléo.

Fichiers templates
Pour faciliter l'écriture des fichiers de données et des fichiers de configuration, j'ai construit des templates de référence, avec toutes les commandes commentées. Ils sont aussi lié à un fichier de configuration qui se trouve dans le même dossier GitHub.

pyTherion : un outil de conversion de fichiers Visual Topo vers Therion
J'ai commencé à utiliser Therion après avoir compris que l'utilisation du couple de logiciels Visual Topo + Adobe Illustrator ne convenait pas pour des topographies de systèmes complexes avec de nombreux bouclages. L'idée était de reprendre quasi 50 km de topographies sous Visual Topo. Pour me faciliter la tâche, j'ai écrit un code de conversion en Fortran puis en Python. Ce dernier (améliorable !) se trouve sur la page GiHub du projet.

Coloration syntaxique pour le langage Therion
Tous les fichiers Therion sont des fichiers texte avec des commandes spécifiques à Therion. Il existe des modules de coloration syntaxique Therion pour Vi(m), VSCodium (VSCode) et Notepad++. J'ai écrit des fichiers de coloration syntaxique pour les logiciels TexWrangler et Brackets.

Missions de terrain (XR)

Xavier ROBERT — 2019-01-10T20:23:44Z

Mission août 2020 : Karsts du Dévoluy et du Vercors, France
Echantillonnage de sédiments karstiques pour détermination de leur source et de leur âge, dans le cadre de l'ANR MAGICLIM portée par P. Valla.

Mission mars 2020 : Terrasses alluviales de Cañete et Nazca, Pérou
Travaux sur les terrasses perchées alluviales de Cañete et Nazca dans le cadre du post-doc de C. Litty.

Mission novembre 2019 : Tectonique du bloc Nord Andin (Marañon), Pérou
Première mission de terrain de la JEAI CAMERA : Travaux de néotectonique et de thermochronologie sur les failles de la zone du Marañon et de Quiches avec mes collègues de l'INGEMMET.

Mission août-septembre 2019 : Nor Perú, Pérou
Mission d'échantillonnage et d'exploration karstique dans le nord du Pérou.

Mission mai 2019 : Failles d'Incapuquio (Tacna) et de Tarata, Pérou
Travaux de néotectonique sur les failles d'Incapuquio au dessus de Tarata (segment N-S) avec mes collègues de l'INGEMMET.

Mission octobre 2018 : Failles de Parina (Puno) et d'Incapuquio (Tacna), Pérou
Travaux de néotectonique sur les failles de Parina et d'Incapuquio avec mes collègues de l'INGEMMET.

Mission août 2018 : Cerro Blanco, Pérou
Mission d'échantillonnage et d'exploration karstique dans le nord du Pérou.

Mission Avril 2018 : Faille d'Incapuquio, Tacna, Pérou
Travaux de néotectonique sur la faille d'Incapuquio avec mes collègues de l'INGEMMET.

Mission Février 2018 : Résurgences karstiques, Pérou
Mission pour échantillonner les eaux des résurgences karstiques connues du Pérou, à différentes altitudes, pour tenter de déterminer l'importance du karst dans l'apport en CaCO₃ de l'Amazone (et donc son érosion).

Mission août 2017 : Cerro Blanco, Tacna, Pérou
Organisation et participation à l'expédition scientifique internationale pluridisciplinaire Cerro Blanco 2017 autour du karst de l'Alto Mayo.

Mission Mai 2017 : Cusco PATA et Abancay, Pérou
Travaux d'échantillonnage et de paléosismologie sur les failles autour de Cuso dans le cadre du projet Cusco PATA, puis terrain et échantillonnage pour les travaux de thèse de Benjamin Gérard.

Mission octobre 2016 : Iquique, Chili et Cerro Caquilluco, Tacna, Pérou
Mission de terrain sur la thématique des méga-glissements de terrain dans la continuité des travaux sur le Cerro Caquilluco (2015)

Mission août 2016 : Alto Mayo, Pérou
Mission d'exploration des karsts de nord-Pérou, en se focalisant sur le karst de Rodriguez de Mendoza et du Cerro Blanco.

Mission août 2015 : Cerro Caquilluco, Tacna, Pérou
Mission de terrain en bivouac pour échantillonner les différents lobes amonts du méga-glissement de terrain du Cerro Caquilluco avec Swann Zerathe et les collègues de l'INGEMMET. Le but est d'obtenir l'âge des différents évènements de l'avalanche rocheuse.

Mission Juillet 2014 : Cordillera Blanca, Pérou
Nouvelle mission de terrain en Cordillera Blanca dans le cadre de la thèse d'Audrey Margirier : microtectonique, échantillonnage pour datations cosmogéniques de moraines et de la paroi du cañon del Pato, et échantillonnage pour thermobarométrie sur amphiboles.

Mission février 2014 : Diego del Almagro, Patagonia, Chili
Expédition d'exploration karstique et échantillonnage des massifs de grès de l'île Diego del Almagro en Patagonie Chilienne.

Février 2013 : Torres del Paine, Patagonie, ChiliFebruary 2013 fieldwork : Torres del Paine, Patagonia, Chili
Mission de Terrain pour étudier l'exhumation de l'intrusion magmatique de Torres del Paine en Patagonie, Chili. Géologien tectonique et échantillonnage.

Mission Juillet 2012 : Cordillera Blanca, Pérou
Première mission de terrain en Cordillère Banche pour initier le travail de thèse d'Audrey Margirier. Nous avons surtout échantillonné pour datations thermochronologiques.

Mission Mai 2012 : Pérou central
Mission de terrain pour initier le travail de notre étudiant en thèse Carlos Benavente.

Missions de terrain passées

Missions de postdoc

Plateau du Colorado
J'ai effectué un post-doc CIFAR sur le plateau du Colorado. Pour cela, j'ai echantillonné un transect le long de la rivière Colorado pour datations thermochronologique (U-Th)/He sur apatites.

Henry Mountains
Toujours au cours de mon post-doc, j'ai participé à la mission de terrain dans les Henry Mountains avec Kendra Murray pour sa thèse de doctorat. Nous avons échantillonné des transects verticaux pour datations thermochronologiques.

Missions de thèse de Doctorat

Au cours de ma thèse de doctorat sur la tectonique Himalayenne, j'ai effectuée deux missions de terrain.

Népal
La première mission de terrain, au début de ma thèse a eu lieu au Népal Central. Le but a été d'échantillonner deux profils complets pour datations thermochronologiques de basse température (AFT), ainsi que des profils dans les sédiments des Siwaliks.

Bhutan
La seconde mission de terrain s'est effectué en dernière année de thèse, grâce à l'invitation de Djorge Grujic (Halifax, Canada). Le but était de lever une coupe précise dans les sédiments Siwaliks dans la partie est du pays. Au cours de cette coupe, nous avons échantillonné pour des datations thermochronologiques, des datations par magnétostratigraphie, des mesures des isotopes du C et de l'O ainsi que des caractérisations de pollens. Malheureusement, pour des raisons administratives, nous n'avons pas pu sortir les échantillons du pays.

SRSR (Demoulin)

Xavier ROBERT — 2018-01-11T22:22:25Z

Ce set de scripts Python permet de mettre en oeuvre et partiellement automatiser l'analyse de Demoulin, 2011 & 2012. Pour l'instant, je l'ai développé pour être utilisé dans la console Python d'ArcGIS 10.x. Pour l'instant, le développement est en standby, mais à terme, il serait bien de réécrire les parties du code nécessitant ArcGIS pour s'en affranchir.

Voir le repository GitHub pour obtenir les codes et les fichiers d'aide.

Pecube Modelling

Xavier ROBERT — 2018-01-11T21:27:12Z

Presentation

PECUBE est un code d'éléments finis permettant de prédire l'âge de fermeture des systèmes thermochronologiques de basse température, par résolution en trois dimensions de l'équation de la chaleur dans un bloc crustal affecté par des mouvements verticaux, horizontaux et/ou de l'érosion (Braun, 2003, Braun et al, 2012). Ce code (et les fichiers d'aide associées) peut être obtenu sur demande au développeur, Jean Braun .

Pour des modèles directs, le code peut être utilisé sans soucis sur un ordinateur de bureau. Je ne détaillerai pas ici la méthodologie.

En revanche, pour une utilisation inverse à partir de données de terrain, il est fortement recommandé d'utiliser un cluster comme celui d'ISTerre. Se référer aux docs informatiques sur l'Intranet pour utiliser le cluster OAR d'ISTerre.

Ceci dit, pour utiliser Pecube sur OAR, nous avons besoin d'effectuer quelques modifications.

D'abord, il faut modifier le Makefile en utilisant les options :
1. FLAGS = -c -O3 -ftree-vectorize
2. FF90 = mpif90
3. FF77 = mpif77 -fd-lines-as-code
4. CC = mpicc
Ensuite, il faut modifier le code na.f en décommentant toutes les lignes commençant par "d" en première colonne
Enfin, il faut écrire un script pecube_mpi.sh pour OAR du type :

# !/bin/bash
#OAR -n pecube_mpi
#OAR -l /nodes=1/core=26,walltime=24:00:00
# Do not load any module
# Launch compute job
mpiexec -np cat $OAR_FILE_NODES | wc -l bin/Pecube
Pour soumettre le job :

login@ist-oar : $ oarsub -S —project iste-equ-tectonique ./pecube_mpi.sh —notify "mail:x.x yy.fr"

Comment faire les plots ?

La Visualisation 3D des modèles forwards s'effectue aisément avec Paraview

Pour visualiser les résultats en 2D des inversions, j'ai écrit un code Python à modifier pour son propre modèle. Il est disponible sur Github, ne pas hésiter à faire des forks.

Enfin, pour une analyse statistiques sur les inversions, voir les codes Fortran du Neighbourhood Algorithm de Sambridge 1999a & b.

Coloration syntaxique des input files

J'ai développé pour TextWrangler (MacOS) un addon de Coloration syntaxique pour les input files de PECUBE. C'est aussi sur GitHub, avec le README associé.

Outils numériques (XR)

Xavier ROBERT — 2018-01-11T20:29:43Z

Pour les besoin de ma recherche, je développe différents outils numériques. Tous mes développements se trouvent sur ma page GitHub. Voir aussi la sous rubrique correspondante.

Calcul profils verticaux

Xavier ROBERT — 2018-01-11T14:36:34Z

Les outils classiques de calculs de régressions sont la plupart du temps simplistes et ne prennent pas en compte les potentielles erreurs sur les données. En conséquence, j'ai écrit le module Python pyVertProf pour palier à ce problème, et permettre l'obtention de statistiques et de graphiques plus poussés.

Le projet est hébergé par Github (https://github.com/robertxa/pyVertProf) et Pypi (https://pypi.python.org/pypi/pyVertProf). Il n'est pas parfait et il reste probablement quelques bugs. Ne pas hésiter à me faire remonter l'information ou des commentaires pour améliorer l'outil.

Installation

Le module peut être installé en utilisant pip dans un terminal :

login$ pip install pyVertProf

Ou en téléchargeant les sources, puis en utilisant le setup :

login$ cd [path_de_l'archive]
login$ python setup.py install

Le module peut être mis à jour en utilisant aussi pip dans un terminal :

login$ pip install -U pyVertProf

Exemple

Ce graph a été obtenu en utilisant dans une console Python une commande du type (version 2.0) :

>>> from pyVertProf import vertprofile
>>> vertprofile(datafnme = (u'testAFT.txt', u'testAHe.txt') , work_dir = (u'pyVertProf/test',u'pyVertProf/test'), header = (1,1), struct = ([1,2,3,4],[1,2,3,4]), labelx = 'Ages (My)', labely = 'Elevation (km)', labeldata = (u'AFT', u'AHe'), rangex = [0,26], rangey = [1.5,3.7], statstypes = [0,1,2,3], confprob = 95.0, fontsz = 10, fontleg = 9, output = 'graph1')

Se référer à la documentation en ligne pour connaître les options de la nouvelle version 2.0 qui a été portée pour Python 3 et qui permet le calcul ainsi que la construction d'un unique graphique à partir de plusieurs sets de données.

Ce graph a été obtenu en utilisant dans une console Python une commande du type (version 1.0) :

>>> from pyVertProf import vertprofile
>>> vertprofile(datafnme = u'test.txt', work_dir = u'test', header = 1, struct = [1,2,3,4], labelx = 'Ages (Ka)', labely = 'Depth (m)', rangex = [0,8], rangey = [10,4], statstypes = [0,1,2,3], confprob = 95.0)

Swath profiles

Xavier ROBERT — 2017-02-15T16:27:58Z

De nombreux outils SIG permettent d'extraire des "swaths profiles" à partir de raster, mais la plupart du temps, peu d'options sont accessibles, et les profils ne contiennent que les valeurs minima, maxima et moyenne. Pourtant, la distribution en fréquences des altitudes le long du profil peut être intéressantes dans l'analyse de ces profils.

En conséquence, j'ai développé un module python, pyswath, pour construire ces swaths profiles. Il permet de jouer sur les options de construction du swath, d'exporter les caractéristiques du profil au format shapefile (trace du profil sur le raster, points bornants le profil, boite dans laquelle le profil est extrait), d'exporter le swath profile au format pdf, ainsi que d'enregistrer au format texte l'ensemble des données nécessaires à la construction du profil. De plus, il est possible d'extraire des swath profiles non rectilignes (avec des points intermédiaires).

Le projet est hébergé par Github (https://github.com/robertxa/pyswath) et Pypi (https://pypi.python.org/pypi/pyswath). Je l'ai testé avec succès sous Python 2.7 et Python 3.6, mais il n'est pas parfait et il reste probablement quelques bugs. Ne pas hésiter à me faire remonter l'information ou des commentaires pour améliorer l'outil.

Installation

Le module peut être installé en utilisant pip dans un terminal :

login$ pip install pyswath

Ou en téléchargeant les sources, puis en utilisant le setup :

login$ cd [path_de_l'archive]
login$ python setup.py install

Exemple

Swath profile traversant les Cordilleras Negra et Blanca, Pérou

Swath profile traversant les Cordilleras Negra et Blanca, Pérou

Ce swath profile a été obtenu en utilisant la commande dans une console Python :

>>> from pyswath import swathp
>>> swathp(rasterfnme = 'DEM/dem-CB.tif',A = [(-78.4,-9.3)], B = [(-77.5,-8.5)],Coord = 'latlong',xsteps = [0.002], boxwidths = [0.2], binsize = 20,title = 'CB-3')

Réchauffement climatique dans l'océan Arctique : voir au-delà des changements apparents

Anaïs SCHNEIDER, Anne PAUL, Mathilde RADIGUET, Xavier ROBERT — 2016-03-30T12:57:21Z

– Pour télécharger la vidéo (clic droit —> Enregistrer sous) : http://cyan1.grenet.fr/podcastmedia/les-podcasts-de-lujf/20160428_conference-a-isterre_charles-gobeil.m4v

L'océan Arctique se transforme à un rythme accéléré en raison du réchauffement planétaire. Parmi les transformations les plus apparentes, on retient notamment la réduction du volume et du couvert de glace, l'accroissement des apports en eau douce et en nutriments provenant des rivières, de même que l'augmentation de la production biologique et de l'érosion côtière, cette dernière étant elle-même amplifiée par la fonte du pergélisol. Dans ce séminaire, les grands changements géophysiques en cours dans l'océan Arctique seront d'abord évoqués. Notre attention se portera ensuite sur le cycle du carbone organique, tel qu'on peut le découvrir à partir de la distribution d'éléments redox-sensibles dans les sédiments (entre autres Fe, Mn, S et Mo). La prémisse sous-jacente à cette approche est que l'intensité du métabolisme sédimentaire, lequel est contrôlé par la déposition du carbone organique sur le fond marin, affecte la distribution verticale des domaines redox dans les sédiments, ce qui entraîne certains éléments à se concentrer par précipitation et d'autres à migrer dans la colonne sédimentaire par solubilisation et diffusion. Plusieurs exemples faisant ressortir les contrastes entre les enregistrements de mêmes éléments dans les sédiments de la marge continentale arctique et dans ceux des bassins abyssaux seront présentés, puis, discutés en lien avec les variations présumées du dépôt de carbone organique à l'interface eau-sédiment. Un intérêt particulier sera accordé au Fe, micronutriment parfois limitant la production primaire en milieu océanique. Enfin, des bilans de l'accumulation du Fe et du Mn authigènes à l'échelle de l'océan polaire seront exposés et le rôle probable des fluctuations glaciaires-interglaciaires du niveau de la mer sur le fonctionnement biogéochimique de cet océan sera considéré.

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